有害プランクトン等をモニタリングすることにより，赤潮発生の予察を行うとともに，その被害防止対策の技術開発を行っています。水産生物の産卵，幼稚魚の成育等の場や漁場として重要な「藻場」の回復と維持保全を図るため，藻場造成技術手法の開発を行っています。 　また，内水面有用魚種における効果的な増殖のための調査を行っています。
	養殖環境保全対策の推進 有害プランクトンや水質をモニタリングすることにより，赤潮発生の予察を行うとともに，赤潮防除の技術開発を行っています。 また，養殖場における飼育環境の保全を図るため，底質や水質など漁場環境の把握に努めています。 ・赤潮原因プランクトンの発生予察技術開発 ・有害赤潮防除技術開発 ・漁場環境保全対策　 藻場造成技術の研究開発 　磯焼けなどにより減少している藻場を回復させるため，各地の藻場調査や環境調査，藻場回復研究，有用藻類の増養殖技術開発などに取り組んでいます。また，藻場保全活動への支援も行っています。 ・藻場調査 ・藻場造成技術開発 ・海藻，藻場造成研修指導 内水面漁業の振興 　アユ，ウナギなどの内水面有用種の効果的な増殖を図るため，河川における各種調査を行っています。 ・増殖生態の研究（ウナギ，アユ）
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